Moleculaire analyse van professor Jacques Fantini

Het nieuwe alternatief, Omicron genaamd, veroorzaakt paniek in alle landen en treft financiële centra, waardoor de vaccinstrategie in twijfel wordt getrokken. Maar wat weten we eigenlijk van dit alternatief? Is het besmettelijker, gevaarlijker? Moleculaire analyse door Jacques Fantini, hoogleraar biochemie en moleculaire biologie aan de universiteit van Aix-Marseille, erelid van het Franse universiteitsinstituut (IUF).

Geschreven door Jack Fantini

Deze nieuwe variant in Zuid-Afrika haalde de krantenkoppen, vanwege het zeer grote aantal mutaties in het spike-eiwit: 30 mutaties, 3 deleties en 1 insertie (in rood in de volledige typische structuur hier zichtbaar).
Om meer te weten te komen over de mate van besmetting, heb ik op deze variabele een T-index (transmissibility index)-analyse toegepast die me, vanaf de opkomst van de deltavariant afgelopen april, in staat stelde om zijn wereldwijde expansie te projecteren (zie hier: https://lnkd.in/dnSDgQv).
Deze index houdt rekening met de interactie van het NTD-domein met tal van gastheercellen, de interactie van het RBD-domein met ACE-2-receptoren en de elektrostatische potentiaal aan het oppervlak die de snelheid van virusaantrekking tot de doelcel onthult.

Geen logica naar keuze

Het overwicht van de deltavariant, op het niveau van het virus, wordt verklaard door de zeer hoge waarde van zijn T-index: 10,67. Ter vergelijking: de T-index van de oorspronkelijke stam (Wuhan) heeft een T-index van 2,16. We kunnen dus extrapoleren dat de deltavariant ongeveer 5 keer meer overdraagbaar is dan de uitgangsstam.
De berekening voor de variabele Omicron geeft een index van T = 3,90. Het is daarom minder overdraagbaar dan delta, die tot op de dag van vandaag de variant met de hoogste T blijft.
Gedetailleerde analyse van het spike-eiwit van de omicron-variant geeft aan dat deze massale afbraak van mutaties niet onderhevig is aan enige selectielogica, maar eerder aan de afwezigheid van immuuncontrole (immunogecompromitteerde patiënt?) en/of antivirale therapieën die het ontstaan ​​van mutaties zouden kunnen bevorderen.

Mutatie accumulatie

Omicron’s RBD-affiniteit voor ACE-2 is verminderd in vergelijking met alle andere varianten die tot nu toe zijn geanalyseerd, mogelijk als gevolg van deze accumulatie van mutaties in RBD (>10!)
Het succes van Delta is te danken aan de gelijktijdige ontwikkeling van NTD en RBD met slechts twee mutaties in elk domein. Voor Omicron gaan mutaties alle kanten op, zonder enige logica, waarbij sommige elkaar wederzijds elimineren.
Mutatieprofielen van NTD en RBD geven aan dat neutraliserende antilichamen in deze variant een zeer zwakke activiteit zullen hebben.
Daarentegen wordt het NTD-faciliterende epitoop (ADE-epitoop) ook vernietigd door Omicron’s Spike-eiwitherschikking, wat het gebrek aan logica in dit verergerde mutatieprofiel verder benadrukt.

conclusie

Deze analyse van de Omicron-variabele geeft aan dat: Deze variabele zal delta . niet vervangen.
Laten we het belang van interacties met virushosts niet vergeten. Het ACE-2-receptorpolymorfisme zou bijvoorbeeld regionale penetraties van de Omicron-variant mogelijk kunnen maken (dit was het geval met de B.1.351-variant, die zich heeft verspreid in Zuid-Afrika, maar niet in Europa).
Barrièregebaren blijven in ieder geval voor iedereen essentieel.